يعتبر قسم التعقيم المركزي أحد أهم الأقسام في أي منشئة طبية أو صحية، ويقوم قسم التعقيم المركزي في مستشفى طب الأسنان الجامعي بشكل عام بخدمة المرضى والمراجعين بطريقة غير مباشرة من خلال إستلام ومعالجة الأدوات المستخدمة من قبل المرضى والمراجعين ومن ثم فرزها وغسلها وتطهيرها وتغليفها وفي المرحلة الأخيرة تعقيمها وإعادة إرسالها للأقسام المعنية لتقديم الرعاية الطبية اللازمة للمرضى.